北京大学第六医院门诊设有普通门诊、专家门诊、特需门诊、中西医结合门诊、神经内科门诊、多专家会诊以满足不同层次、不同问题患者的就诊需求;还设有进食障碍、成瘾行为、睡眠障碍、记忆障碍、行为分析治 疗、精神疾病康复咨询、心理、老年儿童等相关专业门诊，以满足就诊者对专科或特殊方向的咨询和治 疗需求。
刘琦强调，需要各级政府加强投入，对儿童自闭症从国家层面上高度重视，各种对自闭症儿童的诊疗、科普、关爱、康复活动广泛展开，为自闭症儿童家庭带来希望。而且科学研究方面也加强了经费投入，使得更多的科学家投身于这方面的研究。抑郁症的患病率高，影响更大，更需要从国家层面、各级政府层面的投入。
从实习医生到主任医师，刘琦医生已经在北大六院工作了二十多年。每日查房看患者、调整方案、日常带教、出门诊以及作为科室副主任承担一些科室管理工作，她的工作十年如一日。病房的住院医三个月或六个月轮转一次，经她带教的住院医也有几百个了，几乎没有住院医不喜欢她。
在儿童精神病学领域，致力于注意缺陷多动障碍(ADHD)和相关破坏行为问题的病因及发病机制、治 疗、预后和成人期ADHD的系列研究，开展儿童孤独症、创伤后应激障碍、儿童精神分裂症等儿童期重要精神障碍的临床与应用基础研究， 先后承担国家自然科学基金、科技部“十一五”支撑计划、973计划、国家重点研发计划、原卫生部、教育部、北京市科委等多项基金课题，在病因学、临床评定和治 疗方面均取得较为突出的成绩。