根据相关法律规定，农民工工资保证金确实可以使用金融机构出具的保函来替代。《保障农民工工资支付条例》第三十二条明确指出，“工资保证金可以用金融机构保函替代”，这意味着除了传统的现金缴存方式外，还可以通过保函的方式来满足这一制度的要求。
商业保函指的是，除了银行以外，由其他商业机构出具的保函，一般出具保函的公司都是专业的担保机构或商业机构的信用担保。商业保函也是包括了很多种的，比如预付款保、农民工工资支付保函、质量保函、投标保函、履约保函等，这些都是属于商业保函。
如果约定了双倍返还或具有定金独特属性的内容，符合定金法则，则是定金；如果没有出现"定金"字样，也没有明确约定适用定金性质的处罚之类的约定，已经交纳的履约保证金，就不是定金，而是其他金钱质。约定了履约保证金却又没有交纳的，关于履约保证金的约定成立但不发生法律效力（因为，质押合同也是实践性合同，必须以交付为生效条件）。
履约保函 Performance Guarantee，履约保函是指：应劳务方和承包方（申请人）的请求，银行金融机构向工程的业主方（受益人）做出的一种履约保证承诺。如果劳务方和承包方日后未能按时、按质、按量完成其所承建的工程，则银行将向业主方支付一笔约占合约金额5%~10%的款项。履约保函有一定的格式限制，也有一定的条件。