清掏周期为3～12个月，实际设计中多取3～9个月，而酸性发酵阶段的酸性发酵期为3个月，酸性减退期为5个月左右。实践证明：清掏周期的取定，应兼顾污水处理效果、建设造价、管理三个方面因素清掏周期一般不宜少于12 个月。
第二池的粪皮和粪渣的数量减少，因此发酵分解的程度较低，由于没有新粪便的进入，粪液处于比较静止状态，这有利于漂浮在粪池中的虫卵继续下沉。第三池：主要起储存粪液的作用。经前二格处理的粪液进入第三池，基本上已经不含寄生虫卵和病原微生物，达到了粪便无害化要求，可以供农田直接施肥。
人工清理是目前为常见的一种化粪池清理方式。需要特殊工具，如胶水吸管、硬鹅毛刷等，并配合化学清洗剂使用。可以将化粪池内的垃圾等物质人工取出，再用硫酸、酸碱等化学药剂清洗，以达到除臭、清洁化粪池的目的。
长期不清理化粪池的危害：
化粪池是处理粪便并加以过滤沉淀的设备。其原理是固化物在池底分解，上层的水化物体，进入管道流走，防止了管道堵塞。化粪池长期不清理，首先就是分解之后产生的大量气体，其中有易燃易爆的甲烷和其他有毒、有异味的气体影响居住环境，还有隐患。而且异味问题会很头疼，谁都不愿意生活在满是秽物异味的环境里。
化粪池太久不清理会漏出来，化粪池长期不清理池底积累过量污物，有可能会渗到地底，污染地下水源，给周围的水系环境带来严重的破坏。也会漏出地面，影响生活起居和工厂作业。所以说要定期清理化粪池。