根据相关法律规定，农民工工资保证金确实可以使用金融机构出具的保函来替代。《保障农民工工资支付条例》第三十二条明确指出，“工资保证金可以用金融机构保函替代”，这意味着除了传统的现金缴存方式外，还可以通过保函的方式来满足这一制度的要求。
保函的有效期通常从开立之日起到工程合同预计竣工日期延长3个月为止。如果工程未按时完工，申请人在保函到期前需要办理延期手续。当工程项目出现拖欠农民工工资的情况时，由人社部门和行业主管部门共同出具书面通知，启动保函赔付程序。金融机构需要在收到通知后的3个工作日内划拨资金至指定的账户，用于支付拖欠的工资。
租赁保函是保证人应承租人的要求，向出租人开立的保证，承租人按照合同的规定支付租金，否则将由保证人进行赔付的书面保证文件。租赁保函的金额应与租金及相应的利息相等，一般自承租人收到租赁设备并验收合格后生效，至承担人支付完全部的租金或双方的时期失效。
售电保函是一种书面信用担保凭证，由经银行业监督管理机构批准设立的商业银行或企业集团财务公司根据售电企业的要求向电网企业开具。当售电公司未能及时结清费用时，保函可以为其提供清算欠费的保障。