如果保函中未曾写明预付款保函的担保金额，将随保函归还金额而相应减少，则很可能出现预付款已大部分偿还，而保函额不减的局面，业主随时可能全额没收保函，而承包商却不拥有全额预付款（因为很可能在业主没收保函时，承包商已经偿还了部分预付款）。
预付款保函的另一个风险是保函的生效时间先于承包商收到的预付款，承包商在不知情的前提下，业主已经没收预付款保函而承包商未收到预付款。
还有一种可能的风险，就是预付款已经扣还完毕，而预付款保函没有及时撤销，让业主有机可乘，留下没收保函之机。
预付款保函又称定金保函，是承包商通过银行向业主开具的担保承包商按合同规定偿还业主预付的工程款的经济担保书。
担保人向业主开具预付款保函后，业主才能根据合同规定，按合同总价的10%～15%预付给承包人，以便中标人购买有关设备材料等。
其责任主要是承包商应在规定的期限内偿还预付款。
预付款保函的期限由双方共同商定。
预付款一般逐月按工程进度从工程支付款中扣还，而预付款保函的金额将逐月地相应减少，开具保函时应注意写明。
当承包商在规定的时间内还清预付款项后，业主就需退还预付款保函。