预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
预付款保函的种类
保函种类主要有以下五种：
种是预付款保函、有称还款担保是指向受益人保证，如申请人没有按时预付款，则银行负责返还担保函规定的金额。预付担保的金额不超过承包人收到工程预付金额。
第二种是投标保函、是向受益人作出保证，在申请人报价的有效时间内，投标人不可车标、改标、更改原报价条件，应遵守其诺言，并且一旦中标后，要在规定的时间内和招标人签订合同，如果招标人违约，银行将子啊担保额度的范围内向招标人支付金额，投标人报价总额的1%-5%不等。
第三种是履约保函、是指应劳务方和申请人的要求，向工程的受益人所作出的一种保证承诺。
第四种是质量保函、是指申请人的请求，向受益人保证，在工程质量不符合合同规定，申请人又不能维修时，由农业银行按担保函规定金额赔付工程业主。该款项通常为合同价款的5%-10%。
第五种是临时进口设备再出口保函、按国际工程承包惯例，凡承包商为施工而临时进口的机械设备可免关税，但完工以后，用于施工临时进口设备必须如数再运出工程所在国。
预付款保函扣除
当申请人未能向受益人履行合约，则银行将代替申请人向受益人支付预付款，同时，申请人在银行购买的此项服务终止，预付款保函失效。
预付款保函是合同乙方保证自己收入的一种手段，这种保障手段多出现在工程中，为了保障合同双方平等，若有条件，甲方都应该先申请办理预付款保函，目的是为了在项目结束时，如果自己没有能力完成和合同约定的条款，将由银行出面，将甲方事先支付的预付款付给乙方，保证乙方的权益不受损失。当银行履行完此项业务时，预付款保函扣除。
办理流程
1.保函申请
（1）申请人填写开立保函申请书；
（2）申请人提供保证金或其他反担保；
（3）申请人提交与业务背景相关的基础材料（如基础合同等）；
（4）申请人提交我行要求的其他开立保函必需的材料。
2.保函审核及开出
（1）我行对客户资信、资质、基础交易背景、相关申请材料进行审查；
（2）我行审核保函申请书及保函格式是否合法合规；
（3）我行对客户授信额度占用、保证金充足性或其他反担保情况进行审核落实；
（4）为客户开出保函。
温馨提示
1. 保函修改：根据被担保人和受益人的需要可修改保函条款，如延长保函有效期等；
2. 保函付款/赔付：在保函有效期内一旦发生受益人索赔的情况，我行将及时通知申请人，经我行审核索赔单据并确认与保函索赔条款的要求相符后即履行付款责任。