担保公司保函的取得较为容易，费用也较低，但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门如建委等批准，因而其出具的保函也只在本地区内被承认。
银行保函，由于其出具方的专业金融性质和实质担保的能力更强以及其银行信用等特点，因而公信力较担保公司出具的保函更强。所以，许多大型的工程招标过程中，甲方会指定要求乙方出据银行保函而非担保公司保函。与之相对应的是，银行保函的取得过程相对公司保函而言要求更为严格，基本的要求是被保证方必须在保证银行方有足够的授信额度，如果没有授信额度则需要有不低于被保额度的存款准备，并且该存款在保函有效期内不可被动用。
目前国内银行保函大多用担保公司在银行授信开出，能开银行履约保函的，基本上只有建行，平安，光大等。部分招标文件要求开到基本户，涉及到银行保函的转开，只能建行操作。
通过担保公司办理银行保函不需要存全额保证金，只需要缴纳很低一部分费用即可。银行保函办理周期更长，费用相对更高。担保公司保函出函速度更快，费用低，办理灵活。
担保公司保函(商业保函）业务办理流程
一、委托人向担保公司提供相关基本资料；
（1）公司营业执（三证合一的）；
（2）企业资质证书；
（3）招标文件（提供电子版）；
（4）中标通知书；
（5）施工合同（封面、协议部分）；
（6) 大北京地区的实名管理通知书。
注：（资料1-6项适用于民工工资保函；资料1-4项适用于履约保函、业主支付保函；资料1-5项适用于预付款保函。如有合同，则无需提供招标文件和中标通知书）
二、签订委托担保保证合同。
三、缴纳担保费。
四、出具保函。
五、定期做保后管理。
银行保函： 1. 银行保函又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或担保人应申请人的请求，向受益人开立的一种书面信用担保凭证，保证在申请人未能按双方协议履行其责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定时限范围内的某种支付或经济赔偿责任； 2. 现阶段常用的银行保函为：投标保函、履约保函、支付保函、预付款保函。 履约保函： 1. 履约保函 Performance Guarantee，指应劳务方和承包方（申请人）的请求，银行金融机构向工程的业主方（受益人）做出的一种履约保证承诺； 2. 如果劳务方和承包方日后未能按时、按质、按量完成其所承建的工程，则银行将向业主方支付一笔约占合约金额5%~10%的款项； 3. 履约保函有一定的格式限制，也有一定的条件。 商业保函： 商业保函是指除银行以外有信誉的，实力雄厚的商业机构出具的保函。
保函又称保证书，是指银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。保证在申请人未能按双方协议履行起责任或义务时，由担保人代其履行一定金额、一定期限范围内的某种支付责任或经济赔偿责任。 保函即为保证书，为了方便，船公司及银行都印有一定格式的保证书。其作用包括凭保函交付货物、凭保函签发清洁提单、凭保函倒签预借提单等。