气调冷藏集装箱具有一般机械式冷藏集装箱的所有制冷功能，同时装有一种气调设备，可以调节和控制箱体内的空气成分，以减弱新鲜果蔬的呼吸强度，从而减缓果蔬的成熟进度，达到保鲜的目的。
气调保鲜的关键是调节和控制货物储存环境中的各种气体的含量。常见的是用充氮降氧方法来降低环境中的氧气含量，控制乙烯含量，减缓果蔬成熟。气调冷藏集装箱的气密性要求较高，一般要求漏气率不超过2m³/h。
采用气调冷藏集装箱运输具有保鲜效果好、储藏损失少、保鲜期长和对果蔬无任何污染的优点。但由于采用气调设备后，技术要求高，冷藏集装箱价格高，因此使用还不普遍。
⒈冷藏箱装货后应检查冷藏或冷冻货的原有质量，并在货单上加以说明。
⒉在装箱过程中，应严格装货堆码原则，避免冷风短路造成降温不平衡，降低制冷装置的制冷效率。
⒊冷冻货长距离运输时，箱内设定温度与设定温度差不能超过3℃。若运送冷却货，其温度误差应不大于0.5℃，不大于0.25℃。
⒋集装箱运送新鲜水果、蔬菜等，应及时打开新风口，进行通风换气。但运送冷冻货时，应关闭新风口。
⒌在运送纸盒包装的冷却货时，应根据室外气温及湿度情况，及时进行通风，保持箱内空气的干燥，防止包装箱外表面凝露。
冷藏冷冻集装箱箱内的温度升、降速度与箱内装载货物有关，当达到设定温度范围-18℃±3℃后，应维持其箱内温度的稳定。但在计算冷藏箱不制冷时箱内温升时，可采用如下经验公式作为标准值计算
1）冷却货（不通风时）0.0054*(tw-tn）℃/h
2）冷冻货0.0067*（tw-tn) ℃/h
式中tw和tn分别为外界温度和箱内温度℃。
根据冷藏集装箱材质，冷藏集装箱可以分为铝质冷藏集装箱和钢质冷藏集装箱。由于铝质冷藏集装箱的成本比较高，且容易损坏，维修费用高，所以在2000年后逐渐被淘汰，主要生产钢质冷藏集装箱，在SHSCRC（COM）可以看到相关图片。